rstudio命令行R的不同库路径(`$ R_LIBS_USER`)

Question

我想弄清楚为什么我的.libPath命令行R和RStudio 桌面之间有所不同(注意:这不是这个问题的重复,因为该修复涉及特定于RStudio Server的东西,我没有).

当我在命令行(linux)上使用R时:

> .libPaths()
[1] "/home/mathematicalcoffee/R/library"  "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"             "/usr/lib/R/library"           

当我使用RStudio Desktop(linux,同一台机器)时:

[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"       "/usr/lib/R/library"            "/usr/lib/rstudio/R/library"  

现在我已$R_LIBS_USER到~/R/library我的bash的个人资料,所以R-命令行捡起来,为我的首选LIBPATH.

当我这样做时,问题出在RStudio桌面:

Sys.getenv('R_LIBS_USER')
# "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15"

那么为什么RStudio桌面会改变我的R_LIBS_USER？我怎样才能改回来？(我不使用.Rprofile文件).(在我上面链接的问题中,RStudio Server的解决方案是修改/etc/rstudio/rsession.conf,但我没有,因为我有RStudio桌面.而且,我相信RStudio应该尊重我的R_LIBS_USER环境变量.)

Answer 1

你写:

现在我在我的bash配置文件中将$ R_LIBS_USER设置为〜/ R/library,

你有机会从一个gui图标调用RStudio,即没有调用你的~/.bash_profile？也许你可以尝试调用一个包装器而不是设置它？

对于它的价值,.libPaths()在RStudio桌面和服务器(虽然服务器附加其内部目录),R在命令行和通过ESS为我返回相同的东西.

编辑:一般来说,阅读help(Startup)哪些将花费时间.@flodel的评论非常合适.如果您在系统级别一直处理此问题,您可以始终在系统级别(通过Renviron和Renviron.site)或通过~/R/目录转向R.