使用scatterplot3d绘制球体

Question

我有一个所有氨基酸的x,y,z坐标矩阵.我使用以下函数在3D空间中绘制蛋白质:

make.Plot <- function(position.matrix, center, radius){
  scatterplot3d(x = position.matrix[,4], y = position.matrix[,5], z = position.matrix[,6], type = 'o', color = 'blue')
}

position.matrix中的每一行用于不同的氨基酸.我想要做的是修改函数,所以如果我传递一个"中心",它对应于位置矩阵的第2列中的数字(列出氨基酸编号),以及半径,我想要一个球体以该氨基酸为中心.

例如,如果我传递它(position.matrix,9,3),我希望它在氨基酸9周围绘制半径为3的球体.我在这里上传了位置数据的副本: http:// temp-share .COM /显示/ YgFHv2J7y

请注意,行计数并不总是规范计数,因为会跳过一些残差.我将永远传递"规范"计数......

谢谢你的帮助!

Answer 1

以下是对代码的经过测试的修改.它为cex.symbols添加了一个长度为2的大小的向量,通过向逻辑向量加1来选择它:

make.Plot <- function(position.matrix, center, radius){
    scatterplot3d(x = position.matrix[,4], y = position.matrix[,5], 
                  z = position.matrix[,6], type = 'o', 
          cex.symbols=c(1,radius)[1+(position.matrix[,2]==center)],  color = 'blue')
          }

我想知道你真正想要的是rgl包.它具有形状和交互式绘图环境.使用scatterplot3d,您可以使用以下代码将选择的点设置为红色:

myplot <- make.Plot(position.matrix, 3, 9)
myplot$points3d(position.matrix[3 , 4:6],  col="red", cex=10)

我还找到了一些代码来绘制一个"参数化球体",它可以用来创建一个突出显示指示器:

myplot <- make.Plot(position.matrix, 3, 9)
a=seq(-pi,pi, length=10);
myplot$points3d(x=2*c(rep(1, 10) %*% t(cos(a)))+position.matrix[3 , 4] , 
 y=2*c(cos(a) %*% t(sin(a)))+position.matrix[3 , 5],
 z=2*c(sin(a) %*% t(sin(a)))+position.matrix[3 , 6],
 col="red", cex=.2)