Python子进程 - 写多个stdin

Question

我需要打开一个R脚本并为其提供由单独的python脚本制定的输入.该subprocess模块似乎是一个很好的方法来做到这一点.

我遇到了一些令人费解的结果,即我可以写一次,只能写一次p.stdin.这是我到目前为止:

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(['r --no-save'],stdin=PIPE,stdout=PIPE,stderr=PIPE,shell=True)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput')

运行此代码时会发生的情况是第一个stdin.write()按预期执行的实例(并打开我的R脚本),但第二行什么都不做,并且子进程(实际上是R脚本)退出时出现错误,表明子进程在预期输入并因此终止的情况下没有收到输入.

注意 - 在一个完美的世界中,我只是直接通过R进行交互,但是这个特殊的脚本需要复杂的输入,不能直接输入用于实际目的.此外,rpy/rpy2不是一个选项,因为此脚本的最终用户不一定有权访问该模块或其依赖项.rscript也不是一种选择(出于很多原因,但主要是因为最终用户R配置的可变性).

最后,p.communicate不是一个选项,因为显然会在写完后关闭这个过程,我需要保持它开放.

提前致谢

Answer 1

您需要致电.communicate()：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(
    ['r', '--nosave'],
    stdin=PIPE,
    stdout=PIPE,
    stderr=PIPE)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput\n')
p.stdin.write('q\n')

stdout, stderr = p.communicate()

print '---STDOUT---'
print stdout
print '---STDERR---'
print stderr
print '---'

讨论区

• 我没有使用，shell=True并且似乎可以使用我的伪R脚本，因为我的系统中没有安装R。您可能需要，也可能不需要。
• 我更喜欢将命令行分解为一个字符串列表，如图所示，但是单个字符串r --nosave也可以使用；只是不要同时做它们两者。
• 不要忘记stdin.write()不写换行符\n，您必须自己提供。

更新资料

我的第一次尝试超出了预期，我希望第二次尝试更加接近。正如JF Sebastian所建议的那样，您可能要使用pexpect：

import pexpect
import sys

if __name__ == '__main__':
    prompt = '> ' # Don't know what the R prompt looks like
    lines = ['one', 'two', 'three']

    r = pexpect.spawn('r --no-save', logfile=sys.stdout)
    for line in lines:
        r.expect(prompt)
        r.sendline(line)

    # If you want to interact with your script, use these two lines
    # Otherwise, comment them out
    r.logfile = None # Turn off logging to sys.stdout
    r.interact()

讨论区

• 您可能需要安装pexpect。我做到了pip install pexpect
• 如果您不想与系统交互，请注释掉最后两行，但请确保发送一些信号以使R脚本退出。
• spawn()返回一个spawn对象，看文档在这里。