将一个dist对象列表保存到R中的表中

Question

我需要创建一个文件,其中多个距离矩阵用空行分隔.输出应如下所示:

# First matrix
0.05194497                                                       
0.04652118 0.12935323                                            
0.04269506 0.09953116 0.08464824                                 
         NA         NA         NA         NA                      
0.02884847 0.07769535 0.05385956 0.04588298         NA           
0.03821721 0.12084543 0.13431270 0.06928795         NA 0.05123967
# Empty line

# Second matrix
0.05194497                                                       
0.04652118 0.12935323                                            
0.04269506 0.09953116 0.08464824                                 
        NA         NA         NA         NA                      
0.02884847 0.07769535 0.05385956 0.04588298         NA           
0.03821721 0.12084543 0.13431270 0.06928795         NA 0.05123967

我在R中的列表中有100个距离矩阵,我需要将它们导出到txt文件,如上例所示.任何人都知道如何做到这一点？我需要一个文件而不是多个txt文件.

Answer 1

下面是使用一个选项sink,lapply和dput.为了write.table在一个dist对象上使用,它需要是一个矩阵,所以在这个lapply步骤中,我们将它转​​换为矩阵,然后NA在写入输出之前手动设置对角线和上三角形.

以下是一些示例数据:

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)
y <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)
myList <- list(A = dist(x),
               B = dist(y))
myList
# $A
#          1        2        3        4
# 2 5.701817                           
# 3 6.013119 5.032069                  
# 4 7.276905 5.325473 5.811861         
# 5 6.619295 5.306750 4.945987 6.612081
# 
# $B
#          1        2        3        4
# 2 7.469565                           
# 3 5.717330 6.407709                  
# 4 5.371346 6.106838 5.057519         
# 5 6.029762 6.256703 4.685266 5.452838

以下是如何将输出写入文件,其间有一些空行.在NULL打印每个矩阵之后还有一条线可以很容易地被移除.

sink("myDistList.txt", type="output")
invisible(
  lapply(myList, function(x) { 
    y <- as.matrix(x)
    y[upper.tri(y)] <- NA
    diag(y) <- NA
    dput(write.table(y, row.names = FALSE,
                     col.names = FALSE, na = ""))
  cat("\n\n")
  }))
sink()

打开"myDistList.txt"会给你一些看起来像这样的东西:

5.70181650842794    
6.01311946994002 5.03206860827638   
7.27690516432265 5.32547302778382 5.8118611864786  
6.61929500038789 5.3067497799772 4.94598733972826 6.61208111472781 
NULL



7.46956498920544    
5.7173301814994 6.40770896281359   
5.37134559156135 6.10683846835378 5.05751911328028  
6.02976206855185 6.25670324709768 4.68526645722475 5.45283785882534 
NULL

当然,capture.output(myList, file = "myDistList.txt")也可以让你非常接近你想要的输出 - 但就像你打印myList到屏幕一样(也就是说,它将包括行名和列名).如果您决定走这条路线,一些聪明的正则表达式工作应该能够轻松地删除多余的线条.

例如,使用" geany "作为输出的文本编辑器capture.output,我能够使用以下搜索和替换选项清理文本文件(当然,选择"使用正则表达式"):

1. 搜索^\s+.*|^\$.*并替换为单个空格
2. 搜索^[0-9]+\s(.*)并替换为\1

在某种程度上,我更喜欢这种方法,必须返回并将距离矩阵转换为矩阵,依此类推.