我可以使用rpy2将pandas数据帧保存到.Rdata文件吗？

Question

我之前从未使用过rpy2,但我只是想知道是否可以用它来保存R-readable文件中的python对象(一个pandas DataFrame).我在这些环境之间移动对象时遇到了麻烦,主要是因为我使用的是Windows而且数据源是Excel文件.是的,包含带有文本的单元格的类型,包括引号,换行符以及CSV无法充分处理的所有内容.

我通常依赖XLConnectJars,但它似乎被打破了

Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.csiro.au/bin/windows/contrib/2.15/XLConnectJars_0.2-4.zip'
Content type 'application/zip' length 16538311 bytes (15.8 Mb)
opened URL
downloaded 15.3 Mb

Warning in install.packages :
  downloaded length 16011264 != reported length 16538311

pandas正确读取它,但我需要使用R中的信息.

Answer 1

您可以使用rpy2执行此操作.在熊猫中获得数据后,必须将其传输到R. 此链接提供Python Pandas和R data.frames之间的实验接口.从网站复制的代码示例:

from pandas import DataFrame
import pandas.rpy.common as com

df = DataFrame({'A': [1, 2, 3], 'B': [4, 5, 6], 'C':[7,8,9]},
                index=["one", "two", "three"])
r_dataframe = com.convert_to_r_dataframe(df)

print type(r_dataframe)
 <class 'rpy2.robjects.vectors.DataFrame'>

print r_dataframe
      A B C
one   1 4 7
two   2 5 8
three 3 6 9

Answer 2

这是使用以下方式写入/读取.RData文件的方式rpy2（因为不赞成使用接受的解决方案，并且不显示如何保存到.RData文件）：

import rpy2
from rpy2 import robjects
from rpy2.robjects import pandas2ri
pandas2ri.activate()

# read .RData file as a pandas dataframe
def load_rdata_file(filename):
    r_data = robjects.r['get'](robjects.r['load'](filename))
    df = pandas2ri.ri2py(r_data)
    return df

# write pandas dataframe to an .RData file
def save_rdata_file(df, filename):
    r_data = pandas2ri.py2ri(df)
    robjects.r.assign("my_df", r_data)
    robjects.r("save(my_df, file='{}')".format(filename))