循环遍历R中目录中的所有文件,应用多个命令

Question

我需要在R中将一组命令应用于目录中的所有单个.txt文件(大约300个).

我对R不太熟悉,所以我在网上看到的有关循环的所有帮助都令人困惑,或者当你需要对每个文件应用多个命令时,我无法解决如何应用循环.

我需要应用于目录中的每个文件(系统发育树)的命令(使用R的ape库):

testtree <- read.tree("tree123.txt")
unrooted_tr <- unroot(testtree)
write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt")

如何应用一个循环,将这些命令应用于每个单独的.txt文件(使用R或在Unix命令行中)？输出(例如unrootedtree123.txt)将需要为每个单独的文件使用不同的名称.

提前谢谢,Dani.

Answer 1

您可以获取所有文件然后循环使用lapply并应用您想要应用的任何函数,如下所示:

files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)
lapply(files, function(x) {
    t <- read.table(x, header=TRUE) # load file
    # apply function
    out <- function(t)
    # write to file
    write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE)
})