对R中的数据帧进行矢量化循环

Question

我有一个包含三列的数据框:ref,target,distance.每个ref都有一个到同一组目标的测量距离,我想得到每个ref的最小距离矢量.现在我用for循环做这个,但似乎应该有一种方法来矢量化它.

这是我的代码:

refs <- levels(data$ref)

result <- c()
for (ref in refs) {
    # Find the minimum distance for observations with the current ref
    # but be sure to protect against ref == target!
    best_dist <- min(data[data$ref == ref & data$target != ref,]$distance)
    result <- c(result, best_dist)
}

我注定要通过这种方式设置数据框,还是有一种很好的方法来对此进行矢量化？谢谢您的帮助!

Answer 1

千万不要使用长一个循环中的一个对象c,cbind,rbind.每次都会复制该对象.而是预先分配到正确的大小(或者如果结果是流动的则高估一些).

话虽这么说,这里不需要循环

我喜欢data.table内存效率和编码优雅.

 library(data.table)
 DT <- data.table(data)


 DT[ref != target, list(bestdist = min(distance)), by = ref] 

如果ref和target是具有不同级别的因子列(如注释中所示),则要么使它们具有相同的级别,要么转换为字符

 DT[as.character(ref) != as.character(target),  list(bestdist = min(distance)), by = ref]