R中的相关聚类

Question

我想用correlation clustering,我认为这R是一个很好的起点.

我可以将数据呈现R为一组大的稀疏向量,或者作为具有预先计算的相异度矩阵的表.

我的问题是:

• 在那里现有的R功能,变成一个hierarchical cluster与agnes使用correlation clustering？
• 我是否必须correlation clustering亲自实现(不可否认的简单)功能,如果是这样,我该怎样才能使它发挥得淋漓尽致agnes？

Answer 1

我承认对这个问题知之甚少,但只是指出了一个方向:

• 你看过集群包吗？它有很好的文档.特别是,请查看帮助(agnes)以获取一些建议. Martin Maechler(R核心团队的成员)创建了这个软件包并且之前为Stack Overflow讨论做出了贡献,所以希望他能在这里提供答案.
• hclust()函数是stats包的一部分.事实上,我认为有计划合并hclust()和agnes().
• 您也可以从Bioconductor项目中找到此页面.
• 否则,您可能会看到CRAN 群集,自然语言处理或机器学习视图中的其他包.

Answer 2

标准方法将涉及cor(),hclust()和plot.hclust().我强烈推荐来自精彩gplots包的heatmap.2.