有没有人有经验在R(Windows操作系统)中打开hdf文件？

Question

我无法使用R中的hdf文件.我相信R包hdf5将是我需要使用这些文件,但我很难安装它.我收到以下警告:

> install.packages("hdf5")
Installing package(s) into ‘C:/Users/ME/Documents/R/win-library/2.15’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

   package ‘hdf5’ is available as a source package but not as a binary

    Warning message:
package ‘hdf5’ is not available (for R version 2.15.2) 

有没有人有设置Windows操作系统版本的R来阅读和使用hdf文件的经验？我希望在这里找到一个我希望使用的hdf文件的例子.

Answer 1

Bioconductor rhdf5软件包可在所有平台上使用,并且没有系统依赖性.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rhdf5")

然后每个会话

library("rhdf5")

Answer 2

您需要先编译包.请参阅Rtools以获取帮助.

在HDF5的CRAN页面上,您可以从自述文件中看到CRAN使用的Windows构建计算机上缺少依赖项.也许你可以自己编译这些依赖项.

实际上这里有一个指南(win_readme.txt):

hdf5 R软件包 - Windows自述文件:

要编译然后使用hdf5库,您需要hdf5库的Windows二进制文件,网址为:http://hdf.ncsa.uiuc.edu .我们使用Windows二进制版本1.4.3对其进行了测试.

下载zip包并将其解压缩到某处(例如,在c:\ temp;此dir将在下面调用).

1)图书馆的编制:

• 解压缩\ src\hdf5中库的当前源文件(如果尚未完成).

• 将hdf5dll.dll从\ 5-143-win\c\release\dll复制到\​​ src\hdf5\src

• 复制\ 5-143-win\c\release\include到\ src\hdf5\src\include(此目录中的所有文件)

• 现在你应该像Rcmd INSTALL%R_HOME%\ src\hdf5一样成功编译

• 您可以压缩dir\library\hdf5以生成可安装的Windows二进制包

2)安装hdf5库:

如果你没有在你的路径中放置相应的hdf5dll.dll,你就无法在这个包中运行函数...警告:使用不同版本的dll而不是用于编译的版本可能会导致R崩溃!