R For循环执行Fisher测试 - 错误消息

Question

我的数据框看起来像这样:

595.00000    18696      984.00200     32185    Group1  
935.00000    18356      1589.00000    31580    Group2            
40.00010     19251      73.00000      33096    Group3            
1058.00000   18233      1930.00000    31239    Group4                
19.00000     19272      27.00000      33142    Group5            
1225.00000   18066      2149.00000    31020    Group6  
....                 

对于我想做Fisher精确测试的每一组.

table <- matrix(c(595.00000, 984.00200, 18696, 32185), ncol=2, byrow=T)  
Group1 <- Fisher.test(table, alternative="greater")

试图循环数据框:

for (i in 1:nrow(data.frame))  
 {  
 table= matrix(c(data.frame$V1, data.frame$V2, data.frame$V3, data.frame$V4), ncol=2, byrow=T)    
fisher.test(table, alternative="greater")  
}

但得到了错误信息

Error in fisher.test(table, alternative = "greater") :  
FEXACT error 40.  
Out of workspace.  
In addition: Warning message:  
In fisher.test(table, alternative = "greater")  :  
'x' has been rounded to integer: Mean relative difference: 2.123828e-06

如何解决此问题或者可能采用其他方式循环数据？

Answer 1

你的第一个错误是: Out of workspace

?fisher.test
fisher.test(x, y = NULL, workspace = 200000, hybrid = FALSE,
        control = list(), or = 1, alternative = "two.sided",
        conf.int = TRUE, conf.level = 0.95,
        simulate.p.value = FALSE, B = 2000)

你应该尝试增加workspace(默认值= 2e5).

但是,这种情况发生在您的情况下,因为您确实有巨大的价值.作为一个经验法则,如果你的矩阵的所有元素都> 5(或在您的案件10,因为DF = 1),那么你可以放心地用它近似独立的卡方检验使用chisq.test.对于你的情况,我认为你应该使用一个chisq.test.

warning message发生这种情况是因为你的值不是整数(595.000)等等.所以,如果你真的想要fisher.test递归使用,那么这样做(假设你的数据在,df并且是data.frame:

# fisher.test with bigger workspace
apply(as.matrix(df[,1:4]), 1, function(x) 
         fisher.test(matrix(round(x), ncol=2), workspace=1e9)$p.value)

或者,如果您希望用a替换chisq.test(我认为您应该将这些巨大的值用于性能增益,而p值没有显着差异):

apply(as.matrix(df[,1:4]), 1, function(x) 
         chisq.test(matrix(round(x), ncol=2))$p.value)

这将提取p值.

编辑1:我刚注意到你使用了one-sided Fisher's exact test.也许你应该继续使用更大工作空间的Fisher测试,因为我不确定是否有单侧卡方检验的独立性,因为它已经从right-tail概率计算出来了(并且你不能将p值除以2作为其不对称).

编辑2:由于您需要具有p值的组名并且您已经拥有data.frame,我建议您使用data.table包如下:

# example data
set.seed(45)
df <- as.data.frame(matrix(sample(10:200, 20), ncol=4))
df$grp <- paste0("group", 1:nrow(df))
# load package
require(data.table)
dt <- data.table(df, key="grp")
dt[, p.val := fisher.test(matrix(c(V1, V2, V3, V4), ncol=2), 
                workspace=1e9)$p.value, by=grp]
> dt
#     V1  V2  V3  V4    grp        p.val
# 1: 130  65  76  82 group1 5.086256e-04
# 2:  70  52 168 178 group2 1.139934e-01
# 3:  55 112 195  34 group3 7.161604e-27
# 4:  81  43  91  80 group4 4.229546e-02
# 5:  75  10  86  50 group5 4.212769e-05