从github读取CSV到R

Question

我正在尝试从github读取一个CSV到R:

latent.growth.data <- read.csv("https://github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/blob/master/LGC_data.csv")

但是,这给了我:

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") : unsupported URL scheme

我试过?read.csv,?download.file,getURL(只有返回奇怪的HTML),以及在数据导入手册,但仍然无法知道如何使它发挥作用.

我究竟做错了什么？

Answer 1

试试这个:

library(RCurl)
x <- getURL("https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv")
y <- read.csv(text = x)

你有两个问题:

1. 您没有链接到"原始"文件,而是链接到Github的显示版本(访问https:\ raw.github.com .... csv的URL以查看原始版本和显示版本之间的差异).
2. 在许多情况下,https是R的一个问题,所以你需要使用一个包RCurl来解决它.在某些情况下(不是使用Github),你可以简单地用http替换https,然后就可以解决问题了,所以你总是可以先尝试一下,但我觉得使用RCurl是可靠的而不是太多的额外打字.

Answer 2

来自以下文件url:

请注意,不支持"https://"连接(在Windows上有一些例外).

所以问题是R不允许对httpsURL 进行同步.

你可以用download.file与curl:

download.file("https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv", 
    destfile = "/tmp/test.csv", method = "curl")

Answer 3

我正在使用R 3.0.2并且此代码完成了这项工作.

urlfile<-'https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
dsin<-read.csv(urlfile)

这也是

urlfile<-'https://raw.github.com/aronlindberg/latent_growth_classes/master/LGC_data.csv'
dsin<-read.csv(url(urlfile))

编辑(sessionInfo)

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=Polish_Poland.1250  LC_CTYPE=Polish_Poland.1250   
[3] LC_MONETARY=Polish_Poland.1250 LC_NUMERIC=C                  
[5] LC_TIME=Polish_Poland.1250    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.0.2

Answer 4

意识到问题已经很久了,谷歌仍然认为这是最好的结果(至少对我而言)所以我决定提供2015年的答案.

如r-bloggers描述的那样,人们现在通常会迁移到curl包(包括名人httr),它提供了以下非常简单的解决方案:

library(curl)

x <- read.csv( curl("https://raw.githubusercontent.com/trinker/dummy/master/data/gcircles.csv") )

Answer 5

与akhmed类似,我想我会更新答案,因为现在你可以使用Hadley的readr包.需要注意的一件事是:您需要将url作为原始内容(请参阅//raw.git...下文).这是一个例子:

library(readr)
data <- read_csv("https://raw.githubusercontent.com/RobertMyles/Bayesian-Ideal-Point-IRT-Models/master/Senate_Example.csv")

瞧!