fclose()导致分段错误

Question

我有一个制表符分隔的文本文件,我正在解析.其第一列包含格式的字符串chrX,其中X表示一组字符串,例如"1","2",......,"X","Y".

这些都存储在char*被调用chromosome的文件中.

文本文件按字典顺序排在第一列,即,我将有一些以"chr1"开头的行,然后是"chr2"等.

在每个"chrX"条目中,我需要打开与此条目关联的另一个文件:

FILE *merbaseIn;

// loop through rows...

if (chromosome == NULL)                                                                                                                                                   
    openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN);                                                                                                      
else {                                                                                                                                                                    
    if (strcmp(chromosome, fieldArray[i]) != 0) { // new chromosome                                                                                                   
        fclose(merbaseIn); // close old chromosome FILE ptr                                                                                                                                                                                                                                    
        free(chromosome); // free old chromosome ptr                                                                                                                          
        openSourceFile(&chromosome, fieldArray[i], &merbaseIn, GENPATHIN); // set up new chromosome FILE ptr                                                                  
    }                                                                                                                                                                       
}  
// parse row

我有一个openSourceFile定义如下的函数:

void openSourceFile (char** chrome, const char* field, FILE** filePtr, const char *path) {
    char filename[100];                                                                                                                                                           
    *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));
    if (*chrome == NULL) {                                                                                                                                                        
        fprintf(stderr, "ERROR: Cannot allocate memory for chromosome name!");                                                                                                      
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             

    strcpy(*chrome, field);                                                                                                                                                       
    sprintf(filename,"%s%s.fa", path, field);                                                                                                                                     

    *filePtr = fopen(filename, "r");                                                                                                                                              
    if (*filePtr == NULL) {                                                                                                                                                       
        fprintf(stderr, "ERROR: Could not open fasta source file %s\n", filename);                                                                                                  
        exit(EXIT_FAILURE);                                                                                                                                                         
    }                                                                                                                                                                             
}      

问题是我的应用程序在下一行从第一个染色体到第二个染色体(从chr1到chr2)退出分段错误,在那里我关闭了我打开的第一个染色体文件:

fclose(merbaseIn);

我知道我没有传递fcloseNULL指针,因为直到分段错误,我正在从这个文件中读取数据.我甚至可以在条件中包装它,我仍然得到错误:

if (merbaseIn != NULL) {
    fclose(merbaseIn);
}

此外,我知道openSourceFile工作(至少chr1在设置第一个文件句柄时FILE*),因为我的应用程序解析chr1行并FILE*正确地从源文件中读取数据.

这个fclose调用导致分段错误发生的原因是什么？

Answer 1

valgrind --db-attach=yes --leak-check=yes --tool=memcheck --num-callers=16 --leak-resolution=high ./yourprogram args

segfault很可能是由堆上的内存损坏引起的,而不是任何影响本地的内存. Valgrind会立即向您显示您所犯的第一个错误访问权限.

编辑:自2014年版本3.10.0以来已弃用的--db-attach选项valgrind.发行说明指出:

The built-in GDB server capabilities are superior and should be used
instead. Learn more here:

http://valgrind.org/docs/manual/manual-core-adv.html#manual-core-adv.gdbserver

Answer 2

我注意到的一个错误是这一行:

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field));

应该是:

 *chrome = (char *) malloc ((size_t) strlen(field)+1);

这是因为一个字符串在结尾处有一个结束0,你还必须腾出空间