R install.packages返回"无法创建锁定目录"

Question

下载Rcpp软件包时出现此错误:

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs’ (as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2380089 bytes (2.3 Mb)
...
Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) :
  cannot create dir '/home', reason 'Permission denied'
ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp’
...

由于我的机器在计算机集群上,我在不同的节点上尝试过,我小心翼翼地删除了/ tmp中下载的临时文件.奇怪的是我有权写入/ home/me/src/Rlibs /.所以我的问题是:

1. 为什么R想在/ home中拥有写作权,而只需要在/ home/me /中写作权？
2. 我该如何修复错误？

---

> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.2

Answer 1

避免这种情况的最好方法是在命令行中使用'--no-lock'参数,例如,

R CMD INSTALL --no-lock <pkg>

在NFS文件系统上,有时您不得不关闭哪些内容.在R中,您可以使用以下命令在命令中执行此操作:

install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE, INSTALL_opts = c('--no-lock'))

Answer 2

当您的上一个软件包安装异常中断时会发生这种情况.要解决此问题,您应该删除锁定的文件.例如,在R控制台中执行此命令:

unlink("/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp", recursive = TRUE)

希望这可以帮助!

Answer 3

避免此问题的最简单方法是在安装任何软件包之前运行以下行

options("install.lock"=FALSE)

然后尝试 install.packages("name_of_package") 安装包。00LOCK 错误不会出现。