CRAN封装取决于Bioconductor封装安装错误

Question

我管理了Depends,建议和导入描述文件.最后我提交了我的包裹CRAN.但是在安装包装时,它只安装存放在包装下CRAN的bioconductor包装.此外,它还具有Mac OS的程序包依赖性错误: 检查Mac OS的日志

可能是什么问题呢？我怎么能修好它？

亲切的问候,

Answer 1

在R 3.0.2中,以下工作:

setRepositories(ind=1:2)

在撰写本文时,该值ind可以采用值介于1和8之间的向量,其含义如下:

1:   CRAN
2:   BioC software
3:   BioC annotation
4:   BioC experiment
5:   BioC extra
6:   Omegahat
7:   R-Forge
8:   rforge.net

此列表通过调用获得,该列表setRepositories(graphics=F)还允许以交互方式选择要安装的存储库.

Answer 2

这没有在任何地方记录,但诀窍是你添加一行biocViews:在DESCRIPTION文件中说明(是的,它以冒号结束,然后不需要列出任何东西,你可以保持空白).然后R将知道检查bioconductor存储库的包装要求.

Answer 3

install.packages()R 中默认情况下没有可以从 Bioconductor 安装的机制（至少默认情况下不是，我还没有检查 BioC 是否具有存储库基础设施以允许它在正确调用的情况下）。[请参阅 Martin Morgan 的评论（如下），其中可以找到有关如何配置 R 以便install.packages()可以从 Bioconductor 存储库安装的说明。]

要安装 Bioconductor 软件包，通常需要执行以下操作：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

这需要独立于 来完成install.packages()。

Mac OS X 检查的错误可能是该特定服务器上的配置错误。正如 @DWin 所说，您应该通过 CRAN 解决这个问题，以找到该特定问题的根源。据我所知，CRAN 应该安装了所有 Bioconductor 软件包。