直接从我的应用程序执行BLAST/SmithWaterman搜索

Question

我正在开发一个小应用程序,并考虑将BLAST或其他本地对齐搜索集成到我的应用程序中.我的搜索只提出了需要安装并作为外部程序调用的程序.

有没有办法从头开始实现它？也许是任何预制的图书馆？

Answer 1

它必须在C中,还是C++也可以？如果是这样,您可能想在这里查看SeqAn库.

Answer 2

这是也必须做的结果重现性的话题:它始终是更好地使用由NCBI和UCSC提供的原始爆炸二进制文件,因为它会使你的结果easeir其他科学家重现,并会为您节省大量的时间花在编写测试上(比你想象的还要多).

对于日常工作,我经常使用exonerate,一个用C语言编写的工具,可以进行全局和局部对齐,具有简单的类似unix的界面,并且不需要像blast一样格式化输入.

此外,采取记住,人们通常使用的makefile和脚本的组合来定义的,而不是调用一切从剧本管道,:大多数编程语言都没有很好的定义管道,同时自动生成工具,如制作不适合的脚本任务有用.看看这些例子:http ://skam.sourceforge.net/skam-intro.html http://swc.scipy.org/lec/build.html

Answer 3

我刚刚偶然发现了我想要的东西：NCBI C++ 工具包。不过还是感谢所有的建议。