将netcdf时间变量转换为R日期对象

Question

我有一个带有时间序列的netcdf文件,时间变量具有以下典型元数据:

    double time(time) ;
            time:standard_name = "time" ;
            time:bounds = "time_bnds" ;
            time:units = "days since 1979-1-1 00:00:00" ;
            time:calendar = "standard" ;
            time:axis = "T" ;

RI内部想要将时间转换为R日期对象.我通过读取units属性并拆分字符串并使用第三个条目作为我的原点(因此假设间距为"days",时间为00:00等)以硬连线方式实现此目的:

require("ncdf4")
f1<-nc_open("file.nc")
time<-ncvar_get(f1,"time")
tunits<-ncatt_get(f1,"time",attname="units")
tustr<-strsplit(tunits$value, " ")
dates<-as.Date(time,origin=unlist(tustr)[3])

这个硬连线解决方案适用于我的具体示例,但我希望R中可能有一个包很好地处理时间单位的UNIDATA netcdf数据约定并将它们安全地转换为R日期对象？

Answer 1

编辑 2023：看来这个包/答案现在已经过时了，请参阅帕特里克接受的答案以获取新的方法。

我刚刚发现（发布问题两年后！）有一个名为ncdf.tools的包，它具有以下功能：

转换日期Ncdf2R

哪个

将 netCDF 文件中的时间向量或自指定原点以来的儒略日（或秒、分钟、小时）向量转换为 POSIXct R 向量。

用法：

convertDateNcdf2R(time.source, units = "days", origin = as.POSIXct("1800-01-01", 
    tz = "UTC"), time.format = c("%Y-%m-%d", "%Y-%m-%d %H:%M:%S", 
    "%Y-%m-%d %H:%M", "%Y-%m-%d %Z %H:%M", "%Y-%m-%d %Z %H:%M:%S"))

论据：

time.source 

数字向量或 netCDF 连接：自起始点以来的多个时间单位或 netCDF 文件连接，在后一种情况下，时间向量是从 netCDF 文件中提取的，该文件，尤其是时间变量，必须遵循 CF netCDF惯例。

units   

字符串：时间源的单位。如果源是 netCDF 文件，则该值将被忽略并从该文件中读取。

origin  

POSIXct 对象：时间源的原点或日/小时零。如果源是 netCDF 文件，则该值将被忽略并从该文件中读取。

因此，只需将 netcdf 连接作为第一个参数传递就足够了，函数会处理其余的事情。警告：只有当 netCDF 文件遵循CF 约定时，这才有效（例如，如果您的单位是“自此后的年数”而不是“自此后的秒数”或“自此后的天数”，则它将失败）。

有关该功能的更多详细信息，请访问： https ://rdrr.io/cran/ncdf.tools/man/convertDateNcdf2R.html

Answer 2

您的希望已通过包裹CFtime得到满足。该包可以无缝处理CF元数据约定“时间”维度，包括所有定义的日历。

f1 <- nc_open("file.nc")
cf <- CFtime(f1$dim$time$units, f1$dim$time$calendar, f1$dim$time$vals)
dates <- CFtimestamp(cf)

# This works reliably only for 3 of the 9 defined calendars
dates <- as.Date(dates)

该CFtimestamp()函数为所有可能的日期提供正确的输出，包括“360_day”日历上奇怪的“2023-02-30”，但不包括“2023-03-31”。转换为 POSIXct 很棘手，但您真的需要Date使用 POSIXct 吗？或者字符表示可以很好地工作吗？