覆盖在命名空间中导入的函数

Question

由于termplotR中的函数包含一些令我烦恼的错误的奇怪代码,我想在我自己的测试代码中覆盖它,直到我找到一个更永久的解决方案.问题是mgcv包没有加载更改的功能.该mgcv包importFrom()在NAMESPACE文件中使用其名称空间中的stats包加载termplot .

我怎样才能说服mgcv使用改变的termplot？我试过了 :

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))

当应用于lm-objects时,这个工作并且使用改变的termplot.但是当使用mgcv包生成的gam-object时,这不起作用.如果我可以避免它,我真的不会从源代码构建stats包...

为了澄清,我也试过了

assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats")
assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="mgcv")

在所有可能的组合中,在附加mgcv之后,在附加mgcv之后,我没有设法让它工作.

---

编辑:

我尝试了这里给出的所有选项(除了重建任何一个包),并且无法让它工作.对我来说简单的方法是使用包装函数.这个讨论可以在这里找到.感谢所有的提示.

---

一个可重复的例子:

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

  unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
  assignInNamespace("termplot", my.termplot, ns="stats", envir=as.environment("package:stats"))
  assign("termplot", my.termplot, as.environment("package:stats"))
  lockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))


y <- 1:10
x <- 1:10
xx <- lm(y~x)
termplot(xx)
require(mgcv)
dat <- gamSim(1, n = 400, dist = "normal", scale = 2)
b <- gam(y ~ s(x0) + s(x1) + s(x2) + x3, data = dat)
plot(b,all=TRUE)

plot.gam 调用非平滑项的termplot(在这种情况下为x3),但未能找到新的termplot函数.

---

编辑2:显然,我的例子有效.我现在看到我解决了自己的问题:在第一个代码中,我没有在assignInNamespace中添加命名空间和包.重要的是要记住在加载其他包之前更改命名空间和包中的功能.感谢@hadley指出我正确的方向,@ Mayk用于测试代码并报告它的工作原理,剩下的就是努力回答.

Answer 1

我很难过 - 我无法弄清楚如何plot.gam定位termplot- 据我所知,它并没有使用普通的范围规则.这似乎需要更深入地了解命名空间,而不是我目前所拥有的.

my.termplot <- function (x) print("my new termplot")

# where is it defined?
getAnywhere("termplot")
# in package and in namespace

unlockBinding("termplot", as.environment("package:stats"))
assign("termplot", my.termplot, "package:stats")

unlockBinding("termplot", getNamespace("stats"))
assign("termplot", my.termplot, getNamespace("stats"))

getAnywhere("termplot")[1]
getAnywhere("termplot")[2]
# now changed in both places

y <- 1:10
x <- 1:10 + runif(10)
xx <- lm(y ~ x)
termplot(xx) # works

library("mgcv")
b <- gam(y ~ s(x), data = data.frame(x, y))
plot(b) # still calls the old termplot

# I'm mystified - if try and find termplot as
# seen from the environment of plot.gam, it looks 
# like what we want
get("termplot", environment(plot.gam))