安全令牌是防篡改处理器。USB 闪存盘是存储介质。这些东西从根本上说是两种不同的东西。你在比较苹果和橙子。
安全令牌包含无法（轻松）从设备中删除的秘密（私钥、随机数生成器种子等）。这种防篡改是设备（实际上是基于这些设备的整个系统）具有任何安全属性的原因。您可以以合理的确定性说，安全令牌中的位仅存在于该令牌中，不能复制到其他令牌/设备中。
USB 闪存盘（至少，绝大多数）不是活动的处理元件。它们无法执行加密操作（对消息进行签名、生成消息的 HMAC 等）并且它们存储的位在设计上很容易复制。
恶意攻击者（包括受感染的计算机，在安全令牌物理连接到计算机的情况下）无法从安全令牌中窃取秘密（至少，这是想法）。
大多数 USB 闪存盘并非为此而设计。你可以看看尤比科（Yubico），价格便宜一些。
您打算使用 USB 设备作为唯一的身份验证机制吗？我想不会，但如果是这样，请考虑一下如果它丢失了，或者如果办公室的一名下属“借用”了总经理的设备，或者有人把它落在家里了，会发生什么。
有些 USB 设备可以复制智能卡证书存储功能，因此值得一看 - 但据我所知，它们都是您要避免的“USB 令牌”。