我正在开展我的第一个项目，该项目大量使用 MySQL 数据库，并且正在努力理解我遇到的性能问题。
大多数情况下，响应会从服务器快速返回，但是当我有某些脚本在后台运行大量查询（读取和写入数据）时，我发现其他请求接收响应的速度很慢，或者完全超时。
举个例子，昨天当一个进行大量数据库查询的 PHP 脚本正在运行时，对服务器的请求在返回响应之前进行了大量查询的页面超时 - 我什至无法使用 Navicat 连接到数据库，因为它也超时了。
在上面的例子中，我在 SSH 控制台中运行 top/htop，发现 CPU 使用率非常低，内存使用率只有 50% 左右。因此，我认为问题出在数据库上，但我无法理解导致问题的原因，例如它们是否可能是由于：
我知道慢查询日志，但我的查询都不是很慢。
我可以使用哪些方法或工具来确定导致 MySQL 数据库变慢，有时甚至请求超时的原因？