如何使用sed为每一行插入不同的标题？

Question

我需要修改一个 770 行的文本文件，并为每个文件添加一个不同的标题，例如，我有这个：

CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

我想获得这个：

>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

Answer 1

由于您特别要求 sed 解决方案（我不建议实际这样做 - 但您可以）：

$ sed = file | sed '1~2 s/^/>seq/'
>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

第一次调用sed = file插入裸行号，然后第二次调用通过在>seq字符串前面添加来装饰它们。

OTOH 如果您提前知道有 770 行，那么您可以这样做

printf ">seq%d\n" {1..770} | sed 'R file'

虽然这依赖于 GNU sedR扩展：

R filename
将要读取的一行文件名排队，并在当前循环结束时或读取下一个输入行时插入到输出流中。请注意，如果无法读取文件名，或者到达其末尾，则不会附加任何行，也不会出现任何错误指示。

当然，如果你不知道提前的行数，你可以这样做

printf ">seq%d\n" $(seq 1 "$(wc -l < file)") | sed 'R file'

但这将失去只需要读取一次文件的优势。

在实践中，我可能会使用@John1024 的 awk 解决方案或其 perl 等价物

perl -lpe 'print ">seq" . $.' file

Answer 2

你的任务可以用 sed 完成，但 sed 缺乏对算术的任何原生理解，这使它成为错误的工具。awk 运行良好：

$ awk '{print ">seq" NR} 1' file
>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT

这个怎么运作：

• print ">seq" NR

  对于读取的每个新行，我们首先打印您想要的标题。

  NR 是 awk 的行计数器。

• 1

  这是 awk 对 print-the-line 的神秘简写。

Answer 3

使用一个简单的循环：

count=1; while read -r line ; do printf '>seq%d\n%s\n' $((count++)) "$line"; done < file

输出：

>seq1
CWGAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG
>seq2
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAGGC
>seq3
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTGATT
>seq4
ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTACCGT