Mysql无法写入/tmp然后无法重新启动

Question

我正在运行orthomcl使用mysql. 该程序之前在同一台计算机上运行得很好。这次我收到了一条错误消息。

DBD::mysql::st execute failed: Can't create/write to file '/tmp/#sql_700_1.MYI' (Errcode: 13) at /usr/local/bioinf/orthomclSoftware-v2.0.9/bin/orthomclPairs line 709, <F> line 14.

我尝试重新启动mysql服务器，服务器关闭但无法启动。

sudo service mysql start
start: Job failed to start

/var/log/mysql/error.log并且/var/log/mysql.err是空的。我试了几件事情，我发现这里包括清洗和重新安装mysql-server和删除ib_logfile*在/var/lib/mysql。

我尝试的另一件事是

sudo dpkg-reconfigure mysql-server-5.5

错误消息是：

/usr/sbin/mysqld: Can't create/write to file '/tmp/ibNzqwO0' (Errcode: 13)
InnoDB: Error: unable to create temporary file; errno: 13
[ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
[ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
[ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB
[ERROR] Aborting

以下是来自dmesg | grep mysql：

[3115187.338273] init: mysql main process (44255) terminated with status 1
[3115187.338417] init: mysql main process ended, respawning
[3115187.356361] init: mysql post-start process (44256) terminated with status 1
[3116827.473256] type=1400 audit(1396394069.224:132): apparmor="DENIED" operation="open" parent=45387 profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/tmp/" pid=45396 comm="mysqld" requested_mask="r" denied_mask="r" fsuid=0 ouid=0
[3116827.582489] type=1400 audit(1396394069.332:133): apparmor="DENIED" operation="mknod" parent=45387 profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/tmp/#sql_b154_0.MYI" pid=45402 comm="mysqld" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=0 ouid=0
[3116827.908448] type=1400 audit(1396394069.660:134): apparmor="DENIED" operation="mknod" parent=45317 profile="/usr/sbin/mysqld" name="/home/tmp/ibbPfaqP" pid=45415 comm="mysqld" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=118 ouid=118
[3116841.623608] type=1400 audit(1396394083.372:139): apparmor="STATUS" operation="profile_replace" name="/usr/sbin/mysqld" pid=45443 comm="apparmor_parser"
[3116841.771621] init: mysql pre-start process (45474) terminated with status 1

有很多很多这样的线路。

有人能帮我弄清楚我的 MySQL 服务器出了什么问题吗？

非常感谢。

Answer 1

这样做的原因是您/tmp的符号链接到另一个位置，/home/tmp. 但是 MySQL 受到 AppArmor 的保护，它不允许自由写入/home/tmp. 要纠正这种情况，您可以编辑/etc/apparmor.d/abstractions/user-tmp并/home/tmp适当地添加那里；对我来说额外的线条

  owner /home/tmp/**    rwkl,
  /home/tmp/            rw,

成功了。

Answer 2

听起来你没有正确的权限/tmp，这应该是世界可写的。您应该可以使用以下命令修复它：

sudo chmod 1777 /tmp

这会将权限设置为777(rwx for Everyone) 并设置为/tmp目录推荐的粘滞位。如中所述man chmod：

受限删除标志或粘滞位

受限删除标志或粘滞位是单个位，其解释取决于文件类型。对于目录，它可以防止非特权用户删除或重命名目录中的文件，除非他们拥有该文件或目录；这称为目录的受限删除标志，通常可在世界可写目录中找到，例如 /tmp。对于某些旧系统上的常规文件，该位将程序的文本图像保存在交换设备上，以便在运行时加载更快；这称为粘滞位。