有哪些生物信息学和计算生物学工具可用?

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今天,我被要求寻找科学版的 Ubuntu。他们实际上正在寻找工具来执行 DNA 序列分析、蛋白质验证、估计和许多与生物学相关的任务。

第一的:

  1. 是否有科学的、面向生物的 Ubuntu 版本

  2. 有没有像上面提到的那样进行科学分析的工具。

Chi*_*rag 15

我在各种基于 Debian、RHEL 和虚拟机的操作系统和计算生物学和生物信息学研究工具上进行了一些谷歌搜索。一些值得注意的总结如下:

Debian Med:一个 Debian 操作系统,特别适合医疗实践和生物医学研究的要求。

DNALinux:是一个预装了生物信息学软件的虚拟机。

Bioknoppix:是 Knoppix Linux Live CD 的定制发行版。它带有针对分子生物学家的应用程序。除了使用一些 RAM,Bioknoppix 不接触主机(因为它是 Live-CD),非常适合演示、分子生物学学生、研讨会等。

Vigyaan:(“Vigyaan”在印地语中的意思是“科学”。但这不是我太科学的 Linux)。Vigyaan 是用于生物信息学、计算生物学和计算化学的电子工作台。它旨在满足初学者和专家的需求。VigyaanCD 是一张实时 Linux CD,其中包含启动计算机所需的所有软件,并带有即用型建模软件。VigyaanCD v1.0 基于 KNOPPIX v3.7。

VLinux:是面向生物信息学学生和研究人员的 Linux 发行版和设备。它基于 OpenSUSE,并使用 Novell 的 Suse Studio 构建。

BioSLAX:是由新加坡国立大学 (NUS) 生物信息学中心 (BIC) 的资源团队发布的新的生物信息学工具的实时 CD/DVD 套件。该 CD/DVD 可从任何 PC 启动,运行 LINUX 操作系统(也称为 SLAX)的压缩 SLACKWARE 风格。

Bio-Linux 6.0:是一个功能齐全、功能强大、可配置且易于维护的生物信息学工作站。Bio-Linux 在 Ubuntu Linux 10.04 基础上提供了 500 多个生物信息学程序。有一个用于生物信息学程序的图形菜单,并且可以轻松访问 Bio-Linux 生物信息学文档系统和对测试程序有用的样本数据。您还可以安装 Bio-Linux 软件包来处理新一代序列数据类型。


作为生物信息学家,我的观点是下载并运行任何适合您的 Linux 版本。几乎都可以免费下载和使用。在我的研究工作中,我使用的是Ubuntu和CentOS。我会分享我的经验。

CentOS : 如果在安装过程中安装所有库,以后不会遇到太多问题。我在上面使用了分子动力学包AMBERDesmond。它运行一般不会造成太多问题。

Ubuntu:因为它没有预装很多库,所以你必须知道在哪里可以找到有关在其上运行软件的信息。但是,由于Ubuntu 在研究人员中非常流行,我认为您没有理由不尝试它。如果您在安装或运行软件时遇到任何困难,您可以在与该特定软件相关的特定邮件列表上发布问题。 在 Ubuntu 软件中心,可以使用PymolAutoDockUnipro UGENE等程序。Gromacs 较早可用(我在 12.04 中没有找到)。

我强烈建议您花一点时间在 Ubuntu 上安装所有有用的软件,然后使用Remastersys制作您的操作系统的副本,以便将它放在您希望的任意数量的桌面和工作站上。

就我个人而言,我认为拥有专门针对生物学和化学研究受众的 Linux 操作系统具有广阔的前景。

希望能帮助到你。

  • 嗯,这是一个经过充分研究的答案。谢谢奇拉格。会考虑你的建议。 (2认同)
  • 如果社区是认真的。我可以对这件事做更多的调查。我可以为计算化学家和生物学家生成关于科学软件库支持的在线投票。我敢肯定,Ubuntu 可以成为对研究更友好的发行版 :) 我的许多同事都使用 ubuntu。我会和他们谈一谈,让你知道更多。 (2认同)

小智 7

Bio-Linux是一个基于 Ubuntu 的生物信息学工作站。

除此之外,还有大量面向生物学的 Ubuntu 程序/工具,在此处进行了列举和详细说明。


chr*_*tis 5

据我所知,没有专门用于此目的的发行版。

(有一个名为Scientific Linux的发行,它基于 RedHat/Centos,但它主要由高能物理学开发并针对其需求(并且没有任何普通 Ubuntu 缺乏的通用功能)。)

尽管 ubuntu 打包的专业科学应用程序的数量相对较少(我预计您可能会查看的其他发行版也是如此),但有一个生物学类别(在科学/工程下)包含一系列软件包。Science+Engineering/Biology列出了一些,但似乎不是最新的。

也就是说,许多科学工具虽然不在官方存储库中,但提供了可以下载的 ubuntu 兼容 (.deb) 包(例如libSBML)或通用 linux 二进制文件(例如Copasi),或者是平台中立的(用 java 编写, python 等),因此应该在 Ubuntu 中运行得非常愉快(例如ImageJ)。

我使用 Ubuntu 进行计算生物学工作,尽管这主要涉及使用通用工具(例如 R、python)而不是专门的应用程序。